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Apr 30, 2024

Performance diagnostique du GeneXpert MTB/RIF dans la détection du MTB dans les frottis

BMC Infectious Diseases volume 22, Numéro d'article : 321 (2022) Citer cet article La tuberculose (TB) est l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde. La lutte contre la tuberculose tarde à cause du manque de

BMC Infectious Diseases volume 22, Numéro d'article : 321 (2022) Citer cet article

La tuberculose (TB) est l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde. La lutte contre la tuberculose est retardée par le manque de tests de diagnostic simples, rapides mais précis. Ainsi, la tuberculose pulmonaire à frottis négatif passe souvent inaperçue lors du diagnostic. L'étude a évalué les performances du test GeneXpert MTB/RIF pour la détection de Mycobacterium tuberculosis (MTB).

L'étude a été réalisée de juin à décembre 2016 au Nepal Tuberculosis Center, Bhaktapur, Népal. Au total, 173 échantillons d'expectorations ont été collectés et traités par microscopie [coloration à l'Auramine-O et coloration de Ziehl – ​​Neelsen (ZN)], suivis du test GeneXpert MTB/RIF et d'une culture dans un milieu Lowenstein-Jensen (LJ).

Sur 173 échantillons d'expectorations, 162 (93,6 %) étaient à frottis négatifs. Sur 162 échantillons d'expectorations à frottis négatifs, 35 (21,6 %) ont été confirmés comme ayant du MTB par culture et 31 (19,1 %) par le test GeneXpert MTB/RIF. Sur 31 échantillons positifs à GeneXpert, 25 (80,6 %) étaient sensibles, 4 (12,9 %) étaient résistants et 2 (6,45 %) étaient intermédiaires à la rifampicine. La sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive et la valeur prédictive négative du test GeneXpert MTB/RIF pour les échantillons d'expectorations à frottis négatifs étaient respectivement de 74,3 %, 96,6 %, 86,7 % et 92 %. Le GeneXpert MTB/RIF présente une concordance diagnostique substantielle de 90,91 % avec la culture (coefficient Kappa de Cohen = 0,73).

Les performances diagnostiques du test GeneXpert MTB/RIF étaient presque comparables à celles de la culture et peuvent donc être fiables pour la détection du MTB dans des échantillons d'expectorations à frottis négatifs.

Rapports d'examen par les pairs

La tuberculose (TB), une infection causée par Mycobacterium tuberculosis (MTB), affecte généralement les poumons, mais peut également affecter d'autres parties du corps. La tuberculose pulmonaire (PTB) se propage facilement par les aérosols [1]. À l’échelle mondiale, la tuberculose est l’une des principales causes de décès dus à une seule infection. En 2019, on estime à 10 millions le nombre de nouveaux cas de tuberculose, dont seulement 7 millions ont été notifiés. En outre, on estime qu’il y a eu environ 1,4 million de décès attribués au MTB. De même, on estime qu’il y a eu environ 0,5 million de nouveaux cas de tuberculose résistante à la rifampicine, dont 78 % étaient des tuberculoses multirésistantes (TB-MR), mais seulement 206 030 cas de tuberculose multirésistante ont été notifiés [2]. La moindre efficacité de l’algorithme de diagnostic est l’une des principales raisons de la diminution des notifications [2].

La culture des crachats est la référence en matière de diagnostic de la tuberculose. Cependant, cette méthode est coûteuse, sujette à la contamination, demande beaucoup de travail et prend du temps [3, 4]. Cela conduit à un retard de traitement et à une transmission accrue [5]. Ainsi, un diagnostic précoce joue un rôle crucial dans la gestion et le contrôle de la tuberculose. L'examen microscopique des frottis d'expectoration est rapide et peu coûteux, et est donc toujours utilisé comme technique de première intention pour le diagnostic de la tuberculose, en particulier dans les contextes aux ressources limitées. Mais il manque de sensibilité (20 à 80 %) et de reproductibilité [6, 7]. Par conséquent, l’utilisation d’un outil alternatif de diagnostic rapide est indispensable dans la prise en charge de la tuberculose.

Le test GeneXpert MTB/RIF (Xpert) (Cepheid, Sunnyvale, CA, USA) est un test automatisé d'amplification des acides nucléiques. Il peut détecter le complexe M. tuberculosis et la mutation associée à la résistance à la rifampine en deux heures. Dans les contextes de prévalence plus élevée, Xpert a une sensibilité groupée de 69,4 à 84,7 % et une spécificité de 98,4 à 98,8 % [8, 9] ; de même, Xpert a une sensibilité groupée de 60,6 à 67 % et une spécificité groupée de 98,8 % dans les échantillons d'expectorations à frottis négatifs [9, 10]. La technique est approuvée par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) comme test au point d'intervention pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire et extra-pulmonaire. Cependant, l'utilisation à part entière de Xpert dans des contextes à faibles ressources est difficile car elle nécessite un approvisionnement constant en électricité, un investissement massif en appareils et consommables et une maintenance persistante [11]. Néanmoins, grâce au programme subsidiaire du fonds mondial, les tests Xpert sont largement utilisés dans des contextes aux ressources limitées et où le fardeau de la tuberculose est plus élevé. Au Népal, Xpert a été mis en œuvre pour la première fois en 2012 [12].