Jun 22, 2023
Identification, tri et profilage des cellules tueuses fonctionnelles via la capture de cibles fluorescentes
Nature Biomedical Engineering (2023)Citer cet article 9 Détails d'Altmetric Metrics Les tests permettant d'évaluer la cytotoxicité à médiation cellulaire sont en grande partie centrés sur les cellules cibles et ne peuvent pas identifier et isoler
Nature Biomedical Engineering (2023)Citer cet article
9 Altmétrique
Détails des métriques
Les tests permettant d'évaluer la cytotoxicité à médiation cellulaire sont largement centrés sur les cellules cibles et ne peuvent pas identifier et isoler des sous-populations de cellules effectrices cytotoxiques. Nous décrivons ici un test compatible avec la cytométrie en flux pour l’identification et le tri précis des sous-populations de cellules tueuses fonctionnelles dans les co-cultures. Le test, que nous avons nommé PAINTKiller (pour « identification par transfert intracellulaire par affinité de proximité des cellules tueuses »), repose sur la détection d'une protéine fluorescente intracellulaire « peinte » par une cellule lysée à la surface de la cellule cytotoxique en cours de lyse (en particulier, sur la cellule lyse le dérivé intracellulaire de fluorescéine, l'ester succinimidylique de carboxyfluorescéine est capturé à la surface de la cellule tueuse naturelle par un anticorps contre l'isothiocyanate anti-fluorescéine lié à un anticorps contre le récepteur de surface pan-leucocytaire CD45). Le test peut être intégré au séquençage d’ARN unicellulaire pour l’analyse des voies moléculaires associées à la cytotoxicité cellulaire et peut être utilisé pour découvrir des corrélats de réponses immunitaires fonctionnelles.
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Les ensembles de gènes de marque sélectionnés sont accessibles au public dans la base de données de signatures moléculaires (MSigDB, v.7.4). Les données de séquençage de PAINTKiller-seq sont disponibles dans la base de données GEO, avec le numéro d'accès GSE207508. Toutes les données nécessaires pour évaluer les conclusions décrites dans ce document sont incluses dans le document et ses informations supplémentaires. Les ensembles de données brutes et analysées générés au cours de l'étude sont disponibles à des fins de recherche auprès des auteurs correspondants sur demande raisonnable. Les données sources sont fournies avec ce document.
Le code R permettant de reproduire les analyses présentées dans les figures est disponible sur Zenodo à l'adresse https://doi.org/10.5281/zenodo.8004120.
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