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Apr 26, 2024

Détection du virus respiratoire dans les voies respiratoires supérieures des personnes asymptomatiques et communautaires

BMC Infectious Diseases volume 22, Numéro d'article : 411 (2022) Citer cet article 1572 Accès 3 Citations 46 Détails Altmetric Metrics La prévalence de la positivité du virus dans les voies respiratoires supérieures

BMC Infectious Diseases volume 22, Numéro d'article : 411 (2022) Citer cet article

1572 Accès

3 citations

46 Altmétrique

Détails des métriques

La prévalence de la positivité du virus dans les voies respiratoires supérieures des personnes âgées asymptomatiques vivant dans la communauté reste insaisissable. Notre objectif était d'étudier la prévalence de la positivité de la PCR pour les virus respiratoires chez les personnes âgées asymptomatiques vivant dans la communauté à l'aide d'échantillons de salive et de prélèvements nasopharyngés et oropharyngés.

Nous avons analysé 504 adultes vivant dans la communauté âgés de ≥ 65 ans, ambulatoires et inscrits dans une étude transversale menée de février à décembre 2018 dans la ville de Nagasaki, au Japon. Quatorze virus respiratoires ont été identifiés dans des échantillons de salive, nasopharyngés et oropharyngés à l’aide de tests PCR multiplex.

Les prévalences de positivité par PCR pour les rhinovirus, la grippe A, les entérovirus et tout virus respiratoire étaient de 12,9 % (IC à 95 % : 10,1 à 16,1 %), 7,1 % (IC à 95 % : 5,1 à 9,8 %), 6,9 % (IC à 95 % : 5,1 à 9,8 %). 4,9 à 9,5 %) et 25,2 % (IC à 95 % : 21,5 à 29,2 %), respectivement. Le rhinovirus a été détecté chez 21,5 % des sujets, la grippe A chez 38,9 % des sujets, l'entérovirus chez 51,4 % des sujets et tout virus chez 32,3 % des sujets en utilisant uniquement un prélèvement de salive.

Les prévalences de plusieurs virus respiratoires étaient supérieures aux pourcentages rapportés précédemment dans des échantillons pharyngés provenant d’adultes plus jeunes. Le prélèvement de salive est une méthode potentiellement utile pour la détection des virus respiratoires dans les populations asymptomatiques.

Rapports d'examen par les pairs

La mise en œuvre de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) dans des contextes cliniques plus larges facilite la détection rapide et précise des virus respiratoires, révélant les virus respiratoires comme agents pathogènes courants de la pneumonie communautaire [1,2,3]. Quelques études ont rapporté la prévalence de la positivité du virus dans les voies respiratoires supérieures de sujets asymptomatiques [4,5,6] ; cependant, la prévalence chez les personnes âgées vivant dans la communauté et susceptibles de développer une maladie grave en cas d'infection n'a pas encore été étudiée.

La détection virale respiratoire dans le nasopharynx à l'aide de méthodes de biologie moléculaire est une méthode standard pour détecter les infections respiratoires virales [7]. Cependant, les échantillons de salive constituent des échantillons alternatifs potentiels ; Le prélèvement de salive est moins invasif et est associé à un risque de transmission plus faible que le prélèvement nasopharyngé (NP). L’avantage de l’échantillonnage de salive pour la détection du virus par PCR a été rapporté chez des patients infectés par des virus respiratoires courants et par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) [8,9,10,11,12].

L'objectif principal de cette étude était d'étudier la prévalence de la détection par PCR des virus respiratoires chez les personnes âgées asymptomatiques vivant dans la communauté au Japon. L'objectif secondaire était d'explorer l'utilisation possible de la salive en plus du prélèvement pharyngé pour la surveillance de la prévalence dans les populations asymptomatiques.

Cette analyse a été mise en œuvre dans le cadre de l’étude existante suivante : « La faible prévalence du portage du pneumocoque chez les personnes âgées vivant dans la communauté : une étude transversale au Japon » [13]. Toutes les méthodes ont été menées conformément à la Déclaration d'Helsinki et l'étude a été approuvée par le comité d'examen éthique de l'Institut de médecine tropicale de l'Université de Nagasaki, à Nagasaki, au Japon, ainsi que par les comités d'examen institutionnels de chaque centre d'étude. Un consentement éclairé écrit a été obtenu de tous les participants ou de leurs familles. L'étude a été menée de février 2018 à décembre 2018 dans la ville de Nagasaki, au Japon. Nous avons inclus des personnes âgées de ≥ 65 ans vivant dans la communauté, ambulatoires et participant à des visites régulières à la clinique ou à des visites de rééducation ambulatoires dans 4 hôpitaux de la ville de Nagasaki, au Japon. Nous avons exclu les personnes présentant de la fièvre ou des symptômes d'infection des voies respiratoires supérieures, les personnes ayant reçu un traitement antibiotique au cours des 30 jours précédents et les personnes admises dans un hôpital ou un établissement de soins de longue durée pendant ≥ 7 jours au cours des 30 jours précédents. Les informations démographiques et cliniques détaillées des 504 participants ont été décrites précédemment [13]. Des échantillons NP et oropharyngés (OP) ont été obtenus à l'aide de deux écouvillons : un échantillon du nasopharynx à l'aide d'un écouvillon stérilisé avec une tige en aluminium (TE2201) (Eiken Chemical Co., Tokyo, Japon) et un autre échantillon de l'oropharynx à l'aide d'un écouvillon stérilisé avec une tige en aluminium. un manche en bois (TE8201) (Eiken Chemical Co., Tokyo, Japon). Ces écouvillons ont été immédiatement placés individuellement dans 1 ml de milieu lait écrémé-tryptone-glucose-glycérol (STGG) [14]. Il a été demandé aux participants de cracher à l'intérieur d'un récipient à crachats stérilisé (DE2000) (Eiken Chemical Co., Tokyo, Japon) pour recueillir de la salive pure sans crachats. Les détails d'utilisation de ces écouvillons stérilisés et de ces récipients à crachats sont disponibles en ligne auprès du fabricant [15]. Les échantillons ont été collectés par des chercheurs ou des infirmières de recherche qualifiées. Les acides nucléiques viraux ont été extraits à l'aide d'un mini kit d'ARN viral QIAamp (QIAGEN Inc., Valencia, CA, USA) et d'un mini kit QIAamp DNA (QIAGEN Inc., Valencia, CA, USA), et les quatorze virus respiratoires suivants ont été criblés par multiplex Tests PCR utilisant un kit RT-PCR en une étape (QIAGEN Inc., Valencia, CA, USA) pour les virus à ARN et l'ADN polymérase GoTaq Flexi (Promega, San Luis Obispo, CA, USA) et le mélange de nucléotides PCR (Promega, San Luis Obispo , CA, USA) pour les virus à ADN, comme décrit précédemment [16] : grippe A, grippe B, virus respiratoire syncytial (RSV), métapneumovirus humain (hMPV), virus parainfluenza de types 1 à 4 (PIV-1, PIV-2, PIV-3 et PIV-4), rhinovirus, coronavirus 229E, OC43 (coronavirus humain commun [HCoV]), adénovirus, bocavirus et entérovirus. Un fichier supplémentaire 1 montre la sensibilité (limite de détection) de la PCR multiplex [voir fichier supplémentaire 1]. La prévalence de la positivité de la PCR pour les virus respiratoires a été définie comme la prévalence totale détectée dans au moins un échantillon de NP, OP et/ou de salive. Le calcul de la prévalence de la positivité de la PCR est présenté dans le fichier supplémentaire 2 : Fig. S1. Le coefficient kappa de Cohen (κ) a été calculé pour mesurer l'accord entre chaque paire de sites d'échantillonnage.